Kunoichi es el término que se usa para denominar a una ninja femenina, o practicante de Ninpo. Se dice que proviene de los nombres que tienen los caracteres que se parecen a los tres trazos del kanji de mujer (女, onna); dichos en el orden en el que están escritos: ku (く) - no (ノ) - ichi (一). En japonés, “ku” está escrito en hiragana, “no” en katakana e “ichi” en kanji; al juntarlos como se muestra aquí, se obtiene el nombre japonés (en kanji) de mujer.

Otra variación que se propone proviene de los caracteres 九能一 (能 "nō" : talento), con los caracteres japoneses de nueve (“ku”) y uno (“ichi”), lo cual significa “nueve talentos en una persona”; aunque no hay ninguna fuente fiable que tenga una lista de estos “nueve talentos”.

El entrenamiento de las kunoichi era diferente del de los ninja masculinos. Su entrenamiento se centraba más en saber disfrazarse, en venenos, y en usar su género como una ventaja. Se entrenaban en combate cuerpo a cuerpo y este conocimiento les servía cuando eran capturadas. Entre sus disfraces estaban los de geisha, adivinas, sirvientas, etc. lo cual les permitía acercarse mucho al enemigo o usar esta cercanía para obtener información.

Las kunoichi podían esconder sus armas en sus disfraces. Estas armas eran: pequeños cuchillos escondidos en las mangas o en el cinturón, o incluso en instrumentos musicales, horquillas envenenadas en el cabello, uñas largas para poder arañar, o polvos cegadores, cuerdas y abanicos que se podían esconder y usar en proximidad. También se entrenaban en la guerra psicológica y la manipulación de la mente. Se aprovechaban de las emociones del enemigo usando sus habilidades intuitivas, que estaban muy desarrolladas.

Las kunoichi modernas desempeñan el mismo papel que los hombres, trabajando en seguridad, como policías e investigadoras privadas (donde pueden usar varios disfraces y medios únicos de su género).

En la Bujinkan, las mujeres entrenan y estudian las mismas habilidades y técnicas que los hombres. El énfasis se pone en la eficacia como poder, y la fuerza no juega ningún papel. El no poder depender de fuerza muscular puede ser una ventaja a la hora de aprender el poco esfuerzo que cuesta una técnica. En la vida real, la combinación de poder y fuerza con la facilidad de la técnica puede ser impresionante.