Para los estudiosos ha sido compleja la labor de exponer los acontecimientos históricos que dieron origen y desarrollo al Ninjutsu, pues es un hecho que este era secreto; por lo cual se han planteado varias teorías que intentan dar una luz tanto sobre sus origenes como sobre su evolución.

Por tanto, no se puede tomar una única teoría que explique totalmente el origen del Ninjutsu, más bien debemos entender que este surgió de una conjunción de varios sucesos alternativos que de manera extraordinaria, afectaron en uno u otro sentido y que de forma progresiva fue desarrollando todo un nuevo concepto filosófico y guerrero japonés fuera de lo ordinario.

Ciertamente el nicho del Ninjutsu fueron las circunstancias políticas, sociales, económicas y militares de la época que abarca los siglos XIV y XVII. Por esto se considera que
 los Ninja tuvieron un papel realmente importante en la formación de la nación japonesa.

Aunque no todos los investigadores estén de acuerdo o acepten este argumento, se han encontrado registros de hechos históricos contundentes que lo evidencian; tal es asi que fueron al parecer importantes gestores de un período de paz de al menos 250 años.

Sin embargo, siempre ha permanecido una duda sobre la verdadera misión de los Ninja, esto debido en gran parte a su condición secreta, pues nunca fueron ni oficial ni abiertamente partidarios de ningún régimen establecido; y es por esto que la mayoría de los historiadores antiguos japoneses, no solo los borraron de sus registros sino que también los desacreditaron.

Esta percepción ha tenido eco hasta nuestros días, pues muchos autores occidentales de diferente índole con gran influencia en los medios masivos de comunicación, tomaron como ciertas estas informaciones y no solo reprodujeron sino que magnificaron esta visión negativa del Ninjutsu en el imaginario del mundo moderno.

Afortunadamente en nuestro tiempo presente, aún el Ninjutsu se mantiene vivo, principalmente en la persona del Maestro Masaaki Hatsumi, quien da una perspectiva distinta a la del falso mito del Ninja que muchas veces es ridiculizado o satanizado.
    
En una ardua labor por más de 40 años que ha desbordado las fronteras de su país de origen Japón, el Maestro Hatsumi no solo rescata para nosotros la verdadera naturaleza del Ninja, sino que promueve a través de este, una conciencia más humana y pacífica, capacidades tanto necesarias para nuestra supervivencia individual como para nuestra supervivencia como especie en el planeta tierra.